“菌落”從字面上來說就是細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，這種菌落的總數可以用來判定食品被細菌污染的程度及衛生質量，使用菌落計數分析儀可以直接反映出食品在生產過程中是否符合衛生要求，以便對被檢樣品做出適當的衛生學評價。
菌落計數分析儀在食品安全評估中有著重要的作用，當食品監督管理機構在發布不合格食品信息時，常常用到菌落總數超標、大腸菌群超標、檢出致病菌這樣的詞語。細菌超標會對食品安全帶來哪些影響？對人體健康有什么樣的危害？食品的菌落總數嚴重超標，說明其產品的衛生狀況達不到基本的衛生要求，將會破壞食品的營養成分，加速食品的腐敗變質，使食品失去食用價值。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，可能引起嘔吐、腹瀉等癥狀，危害人體健康安全。
分析食源性危害，確定食品安全性保護水平，采取風險管理措施，使消費者食品在食品安全性風險方面處于可接受的水平，這就是風險分析在食品安全性管理中的作用。科學、準確地對菌落總數的安全性進行評價與風險性進行評估，制定菌落總數的食品安全標準，是確保食品安全、維護消費者與企業利益的基礎，是當務之急。但這都應在政府的管理與協調下進行，這同樣需要專家們的攻關與努力，而同時必需在相關企業的密切配合與各種支持下進行。