全自動菌落計數儀的應用越來越廣泛，在使用前需要對其有一定的了解。全自動菌落計數儀有自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等的特點，廣泛應用于科研院所、衛生疾控部門。
　　全自動菌落計數儀的算法應用如下：
　　1) 自動檢測：基于抑菌圈輪廓的邊緣檢測，適合邊緣清晰、標準圓形抑菌圈；
　　2) 擬圓逼近：基于抑菌圈輪廓的圓形擬合逼近，適合邊緣破裂、非標準圓形抑菌圈；
　　3) 人工檢測：鼠標點擊抑菌圈邊緣上三點成圓，適合邊緣模糊的抑菌圈。
　　全自動菌落計數儀的使用注意事項：
　　在使用中，需要避免儀器被強烈振動，并遠離液體、水等導電體。需要保證攝像頭鏡頭，以及放平皿的圓形玻璃片上干凈無塵。必要時，用擦鏡紙或麂皮輕柔擦拭。每次使用完畢后，需要給儀器套上防塵罩。另外，用略強磁鐵吸附在本菌落計數儀燈箱側面的擋光板，是為了避免強光直射而設計的，您需要根據現場的光線情況來決定是否要加，以及其擺放的位置。系統具有自學習功能，平時做計數操作時，要注意保存好其學習獲得的各項參數，以便日后遇到同類菌落可以被調出來重用。